A UEPA é constituída de três centros acadêmicos: o Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS), o Centro de Ciências Sociais e Educação (CCSE) e o Centro de Ciências Naturais e Tecnologia (CCNT).
O Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS) é um órgão de administração setorial da instituição, coordenando atualmente cinco cursos na área da saúde: Medicina, Licenciatura em Educação Física, Enfermagem, Fisioterapia e Terapia Ocupacional.
O CCBS também administra o Centro Saúde Escola do Marco, que inclui a Unidade Materno Infantil, a Unidade de Ensino-Assistência de Fisioterapia e Terapia Ocupacional (Ueafto) e o Ambulatório de Dermatologia, os quais se destinam a atender a comunidade por meio de suas atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão.
O CCSE é um órgão de administração setorial da UEPA e coordena atualmente os cursos de licenciaturas: Pedagogia, Matemática, Licenciatura Plena em Música, Formação de Professores para Pré-Escolar e 1ª a 4ª série do Ensino Fundamental, Letras, Ciências da Religião, Ciências Naturais, Secretariado Trilingüe e Bacharelado em Música, ofertados tanto em Belém como no interior do Estado.
O CCSE é a unidade que, dentro da UEPA, é a responsável pela política de pesquisa e pós-graduação em Educação, quer seja pela oferta dos cursos de licenciaturas, quer seja pelos inúmeros cursos de especialização lato sensu nesta área. É vinculado também a este Centro, o Mestrado em Educação ofertado pela instituição desde 2006, com linhas de pesquisa em Saberes Culturais e Educação na Amazônia e em Formação de Professores.
O Centro de Ciências Naturais e Tecnologia (CCNT) foi implantado no segundo semestre de 1998, tornando-se a instituição pioneira na oferta do curso de Engenharia de Produção na região Norte. É um órgão de administração setorial da UEPA que coordena atualmente os cursos de Engenharia Ambiental, Bacharelado em Design, Tecnologia Agroindustrial (com habilitação em Madeira e Alimentos) e Engenharia de Produção. Esta unidade de Ensino também desenvolve estudos e pesquisas significativos na área de tecnologia no Pará, tanto pela oferta de seus cursos quanto pelos cursos de especialização latu sensu nesta área.
A Universidade oferece também aos alunos e professores oportunidades de participar de projetos de Pesquisa, Ensino, Extensão e Iniciação Científica.
Todos os cursos da Universidade do Estado do Pará possuem projetos pedagógicos atualizados inseridos nas diretrizes educacionais e novas tendências metodológicas.
